Roger iniciou sua carreira profissional no Fluminense em 1996, quando tinha somente 17 anos de idade. Dois anos mais tarde, foi destaque na conquista da Copa Rio, tendo feito 2 gols na decisão. Em 1999, se destacou na equipe tricolor que conquistou o título do Campeonato Brasileiro da Série C. Marcou, inclusive, os gols do título, na vitória sobre o Náutico, por 2x1. Na época, o craque tricolor chegou a receber de Carlos Alberto Parreira, consagrado técnico da Seleção Brasileira de 1994, o apelido de Maradoninha.
Em 2000, Roger continuou se destacando pelo Fluminense, virando ídolo da torcida tricolor. Ainda foi convocado para a Seleção Brasileira para os Jogos Olímpicos de 2000. No mesmo ano, foi comprado pelo Benfica, de Portugal - sendo a maior transação para os 2 clubes, até então - onde jogou por 2 anos e meio, no total. A grave lesão no púbis, a cirurgia e o longo período de recuperação o afastaram dos gramados por alguns meses.
Em 2005, Roger acertou sua ida para o Corinthians, na formação do "Grande Time"[1] para a temporada. Em seu primeiro ano, juntou-se a Carlitos Tévez, Carlos Alberto e Nilmar, conquistando o Campeonato Brasileiro e sendo eleito o melhor meia desse campeonato. No final da temporada, Roger quebrou a perna na partida contra o Vasco (Pacaembu), desfalcando a equipe nas últimas rodadas. Sua recuperação durou, aproximadamente, 6 meses.
Em meados de 2007, Roger acabou acertando sua transferência para o Flamengo[2]. O jogador, que já havia atuado pelo clube nas divisões de base, assinou um contrato com o clube rubro-negro até o dia 31 de dezembro de 2007, quando o Flamengo então poderia contratá-lo definitivamente se pagasse a quantia de US$ 500 mil (cerca de R$ 950 mil)[3].
Entretanto, terminado o prazo de seu empréstimo, o Flamengo, alegando o alto salário do jogador (R$ 43 mil por partida[4]), decidiu dispensá-lo do clube. Com a saída do clube carioca, Roger foi para o Grêmio, por empréstimo, inicialmente até o final de 2008.[5]
No Grêmio, foi o destaque da equipe no Campeonato Gaúcho e eleito o melhor meia da competição. Ídolo da torcida e após cinco meses no clube gaúcho, recebeu uma proposta milionária do Qatar Sports Club. Em 13 de julho de 2008, Roger foi apresentado no Qatar S.C., onde jogou por 2 anos.
No dia 4 de fevereiro de 2010, Roger foi apresentado como reforço do Cruzeiro para a disputa da Copa Libertadores da América e do Brasileirão.[6] Sua estreia pelo time mineiro foi no dia 20 de fevereiro, na vitória por 3 a 1 contra o Atlético-MG pelo Campeonato Mineiro, onde deixou a sua marca e caiu nas graças da torcida. O meia cobrou o escanteio para Leonardo Silva marcar o segundo gol do time e em seguida ele próprio marcou o terceiro, com um chute de fora da área.[7][8]. Em 2011, foi Campeão Mineiro e eleito o "Craque da Galera" (melhor jogador da competição). No Campeonato Brasileiro, teve participação fundamental no placar histórico de 6x1 em cima do Atlético Mineiro - com 1 gol e 3 assistências - na luta contra o rebaixamento. Em 2012, acertou sua rescisão de contrato com a equipe celeste depois de 2 anos e meio no clube.[9]