Vagner começou a carreira no interior paulista. Iniciou com 20 anos no União São João, em 1994, onde seguiu até 1996. Transferiu-se em 1997 para o Caxias, na Serra Gaúcha. Em 1998, foi campeão estadual em Minas, pelo Cruzeiro. Em 1999, foi campeão estadual no Rio, com o Flamengo. Conseguiu uma transferência para o futebol mexicano em 2000. Lá jogou meia temporada no Monterrey. Depois, chegou ao Bahia para a disputa da Copa João Havelange. Disputou 21 jogos, e ajudou o Bahia na ótima campanha que levou o clube até as oitavas-de-final, na qual Vágner marcou um gol contra o Vasco, no Estádio São Januário.
Chegada ao Grêmio
Em sete anos de carreira, Vagner estava indo para o seu sétimo clube diferente. "A cada fim de temporada vários clubes se mostram interessados no meu futebol e assim vou andando, procurando o meu espaço", afirmou o grandalhão Vagner. O volante foi apresentado em janeiro de 2001 como reforço do Grêmio, emprestado por um ano pelo Monterrey do México, que faturou 80 mil dólares com o negócio. Com fama de bom marcador, admitiu que às vezes batia forte nos adversários.
Sem muita velocidade, com um pouco de habilidade, ótimo posicionamento na proteção à frente da zaga, eficiente na marcação, sempre chegando com força, e dono de um chute forte. Vagner tinha tudo para fazer história no Tricolor. No início era titular, mas o jovem Eduardo Costa foi ganhando espaço e se tornou titular absoluto do treinador Tite.
Vagner disputou apenas 8 jogos com a camiseta tricolor, entre Copa Sul-Minas, Copa do Brasil e Gauchão. Ele nunca foi unanimidade entre os torcedores.
Saída do Grêmio
Vagner teve o seu contrato rescindido pelo Grêmio no dia 30 de abril de 2001[1]. Portanto, não participou dos títulos conquistados na temporada.
